Remiantis populiariu otome žaidimu, Hakuouki seka Chizuru ir Shinsengumi alternatyvioje realybėje. Chizuru keliauja į Kiotą ieškoti savo dingusio tėvo, bet po to, kai pateko į incidentą, buvo priimta į Shinsengumi, kur ji susitinka su garsiaisiais Hijikata Toshizo ir Okita Soshi. Chizuru tėvas atliko vyriausybės tyrimus, siekdamas sustiprinti Shinsengumi ir sukūrė ochimizu. Ochimizu yra formulė, kuri suteikia demonui būdingą jėgą ir regeneruojančius efektus, tačiau pavartojus vartotojas patiria didžiulį skausmą ir galiausiai virsta kraujo ištroškusiu monstru.
Bandydamas apginti Chizuru, Hijikata paima ochimizu ir nors padėtis buvo išgelbėta, dabar jį paveikė liga. Okita taip pat yra priversta vartoti formulę, kai dėl tuberkuliozės jis negali apginti Chizuru ir savęs. Jausdamas atsakomybę už jų veiksmus, Chizuru turi kovoti su savo bejėgiškumo jausmu ir rasti drąsos palaikyti Shinsengumi.
