Serialas vyksta praėjus ketveriems metams po Magical Girl Lyrical Nanoha Strikers įvykių, per kuriuos stebuklinga mergina Nanoha Takamachi išgelbėjo ir įsivaikino jauną merginą, vardu Vivio, kuri yra Sankt Kaiser Olivie Segbrecht reinkarnacija. Įstojusi į ketvirtus pradinės mokyklos metus, Vivio gauna savo žvalgybos įrenginį „Šventoji širdis“ ir įgyja galią transformuotis naudodama suaugusiojo Sankt Kaiser režimą. Netrukus ji sutinka merginą, vardu Einhartas Stratosas, kuri, kaip ir Vivio, yra kito Sankt Kaiser valdovo Claus GS Ingvalt palikuonis. Kai Einhart ryžtasi įrodyti, kad jos kovos stilius yra stipriausias, Vivio susidraugauja su ja ir kartu su draugais dalyvauja kovos menų turnyre, kuriame kovoja su įvairiais magiškais priešininkais ir sužino daugiau apie savo praėjusius gyvenimus.
